316 ورقة بحثية
يؤدي حذف جين البروتين الريبوسومي *rpmJ* في بكتيريا *Escherichia coli* إلى تعزيز نسخ جين *zntA* ومنح مقاومة للزنك من خلال آلية تعتمد على الترجمة تشمل محفز *zntA* الأصلي والمنطقة المشفرة للنهاية الأمينية (N-terminal)، وهي عملية يتم عكسها عن طريق التعبير الوراثي المفرط للبروتين المتماثل (paralog) الخاص بـ RpmJ وهو YkgO.
تستخدم هذه الدراسة بنيات المجهر الإلكتروني برد التجميد (cryo-EM) والتحليلات الوظيفية للكشف عن كيفية تنظيم إعادة الترتيب التشكيلي المتميز للحلقات 6 و9 في بروتين BepA لأدواره المزدوجة في التفاعل مع الركيزة والتنشيط البروتيني أثناء عملية فرز LptD عند معقد BAM.
تحدد هذه الدراسة البروتين FAM136A باعتباره مرافقًا جزيئيًا محفوظًا وضروريًا يقع في الحيز بين الغشائي للميتوكوندريا، حيث يعمل على إذابة وتسهيل إدخال القنوات المعتمدة على الجهد (VDACs) ووحدات فرعية محددة من سلسلة نقل الإلكترون في الغشاء الخارجي للميتوكوندريا.
تستخدم هذه الدراسة تقنيتي ChIP-seq وDNase I footprinting لتحديد تنظيم "CosR" على مستوى الجينوم في بكتيريا *Campylobacter jejuni*، مما يكشف عن نمط ربط الحمض النووي ثنائي الأجزاء الخاص به، والتنظيم الذاتي، وإعادة التشكيل المستجيب للأكسدة للعمليات الخلوية الأساسية تحت ظروف الإجهاد التأكسدي.
تقدم هذه الدراسة نظاماً فيروسياً عدوياً (lentiviral) متعدد الاستخدامات وتركيبياً يتيح إجراء اضطرابات جينية متعددة ومراقبة المظاهر الحيوية في الوقت الفعلي، مما يثبت من خلال نماذج سرطان الثدي داخل الجسم أن نمو الأورام ذات المستقبلات الإستروجينية الموجبة (ER+) يعتمد على النشاط المتبادل لمستقبلات الإستروجين والبروجسترون والأندروجين.
تستخدم هذه الدراسة المعرفات الجزيئية الفريدة والمواد المضافة (spike-ins) لتوصيف الديناميكيات الانتقائية، والمرتبطة بالبروتين، والاستجابية لعملية التجهيز (capacitation) للحمض النووي الريبي الصغير في حيوانات السائل المنوي لدى الفئران، مما يؤدي إلى حل التحيزات التقنية وتوضيح العوامل الجزيئية التي تشكل مجموعة الحمض النووي الريبي الصغير في الحيوانات المنوية.
من خلال التصميم الموجه بالبنية، طور الباحثون نظائر متفرعة من مركبات 7-deaza-SAH مستبدلة بـ C7 ذات فعالية عالية تشغل جيب ارتباط SAM بالكامل في إنزيمات ميثيل ترانسفيرازيز (methyltransferases) الخاصة ببروتين VP39 لفيروس جدري القرود وفيروس حمى الضنك NS5، مما يبرهن على استراتيجية متعددة الاستخدامات لتثبيط الإنزيمات الفيروسية متباينة البنية.
تقدم الورقة البحثية نموذج Ptarmigan-1، وهو نموذج تعلم تبايني خالي من البنية ومحدد المواقع يتيح الفحص الافتراضي السريع والدقيق عبر أهداف بروتينية متنوعة —بما في ذلك المواقع الخفية وغير المنتظمة— وذلك عن طريق تضمين تسلسلات البروتين والهياكل الكيميائية ثنائية الأبعاد مباشرة دون الحاجة إلى بناء وضعية ثلاثية الأبعاد صريحة.
تُظهر هذه الدراسة أن عوامل تصميم التجربة، وتحديداً نوع المفاعل الحيوي وتعقيد الركيزة الكربونية، تؤثر بشكل كبير على تقديرات معدل الأيض للبكتيريا المائية المستمدة من تتبع النظائر المستقرة الكمي للحمض النووي الريبوزي (qSIP)، مما يقدم توجيهاً حاسماً للتطبيقات المستقبلية لهذه الطريقة في البيئات المائية.
تستخدم هذه الدراسة المجهر الإلكتروني برد المقياس (cryo-electron microscopy) للكشف عن الأساس الهيكلي والميكانيكي لبدء عملية الترجمة على موقع دخول الريبوسوم الداخلي (IRES) لفيروس شلل الأطفال، وتحديد التفاعلات الحاسمة بين النطاق IVc لـ IRES والبروتينات الريبوسومية uS19/uS13، بالإضافة إلى عروة رباعية من نوع GNRA محفوظة تشتبك مع الـ tRNA البادئ، والتي تُعد ضرورية لتكاثر الفيروس.